1949年秋，邓拓出任《人民日报》总编辑，此后近十年间，他和《人民日报》建立了特殊的感情。

1957年，邓拓在整风运动中“按兵不动”，《人民日报》表现得十分保守。毛主席对此十分不满，并毫不客气地批评他“书生办报”。

4月10日下午，毛主席在中南海召见了邓拓等人，当邓拓汇报工作时，毛主席多次打断他的话，批评他“死人办报”，并鼓励其他副总编辑和邓拓“拍桌子”。这次谈话长达四个多小时，回去后，邓拓将这次谈话的内容毫无保留地传达了下去，包括毛主席批评自己的声音。

两个月后，吴冷西奉命担任人民日报社总编辑，邓拓出任社长，分管理论、文艺，看似升了官，但实际上他已经被架空，靠边站了。

1958年1月，邓拓来到南宁参加中央工作会议，会上，毛主席对周总理和“反冒进”进行了严厉批评，而邓拓也在会议现场被毛主席公开批评“死人办报”。回到北京不久后，邓拓便辞去了人民日报社社长一职。

老首长彭真得知邓拓的遭遇后，十分同情，为了让他换一个更加宽松的环境，便通过中组部将他调到了北京市委，担任北京市委书记处书记，分管文教。

邓拓有着丰富的办报工作，在新闻界颇有名气，但在当时的背景下，为了保护他，彭真只让他分管了一个刊物，这是他有意为之的安排，是对他的保护。邓拓自然也理解老首长的良苦用心。

1961年，邓拓在《北京晚报》开设了《燕山夜话》专栏，受到了读者热烈欢迎。《前线》杂志编辑部也多次请求邓拓在《前线》开设专栏。《前线》是北京市委创办的一个理论刊物，邓拓是《前线》半月刊的主编。

于是，邓拓思来想去，提出请人合作。就这样，邓拓便与廖沫沙和吴晗一起在《前线》上开设了一个杂文专栏，起名“三家村札记”。

从1961年到1964年，党内民主的氛围有所宽松，邓拓也得以在这一背景下继续创作。然而，六十年代中期后，随着党内活跃思想逐渐消失，“三家村札记”自然首当其冲受到了冲击。

1966年，江青等人将舆论的矛头首先对准了北京市委，邓拓、廖沫沙、吴晗成为了他们一伙人开刀祭旗的首要对象，邓拓被批为“三家村黑店的掌柜”。

随着舆论进一步升级，批判邓拓的火药味越来越浓，“砸烂三家店”的口号很快便在全国范围内传开。

突如其来的变化令邓拓很难接受，他每天沉默着坐在书房里，拿起手中的笔又放下，几次反复。

1966年5月，戚本禹在《红旗》杂志上发表文章，他将邓拓称作“一个叛徒”，称他“在抗日战争时期混进党内，伪装积极，骗取党和人民的信任。”

期间，正是大红人的张春桥居然一反常态，冒死给邓拓写去了信，并在信中反复强调“暂避锋芒，做好避险准备。”

城府极深的张春桥为何会给邓拓通风报信呢？这很大程度上可能与他曾受到邓拓提拔有关。抗日战争年代，邓拓通过文章认识了张春桥，并被他的文采吸引，对他进行了破格提拔和培养。在邓拓的照顾下，张春桥得以逐渐在党内有了“笔杆子”的美名。

不过，张春桥的提醒并没有避免了老上司邓拓的悲剧。面对报纸上给自己强加的各种罪名，邓拓不堪其辱，决心以死明志。

于是，邓拓拿起笔开始伏案疾书，写起了申诉书，并在其中写下这样一句话：

“我永远深爱毛主席，我的这颗心永远向着党、向着毛主席！”

写完后，他回到卧室，看着熟睡中的妻子和孩子们，转身又回到了书房，给他们写下了最后的遗言。

写完这些文字后，邓拓服药自尽，结束了自己的生命，年仅54岁。

1979年，“三家村”冤案才得以平反昭雪，加诸在邓拓、廖沫沙、吴晗三人身上的种种罪名也得以全部洗清。

同年9月5日，邓小平、叶剑英、李先念、陈云等中央领导参加了邓拓同志的追悼会。悼词中，对邓拓的一生重新作出了评价：

“他对敌斗争坚决，在工作中勇于承担责任。他密切联系群众，经常深入实际，带头调查研究，他是执行党的三大作风的模范。”